Desde el inicio se han incorporado empresarios a EMCOTUR que actualmente presiden las diferentes asociaciones comarcales de turismo de la provincia de Córdoba. Así están el Presidente de la Asociación de Empresarios de Turismo del Valle del Guadalquivir, Francisco Mulero, la Presidente del CIET de Los Pedroches, Daría Romero, el Presidente del CIT de La Subbética, Jorge Delgado, el Presidente de Era Guadiato, Francisco Linares y el Presidente de la Asociación de empresarios de la Vía Verde del Olivar entre Jaén y Córdoba, Antonio Camacho.
Sumando a todas las empresas representadas en estas asociaciones comarcales a las que ya están asociadas a EMCOTUR, se está representando los intereses de casi todo el tejido empresarial de la provincia de Córdoba. Las empresas representadas cubren todos los sectores económicos del turismo, a saber, alojamiento, restauración, agencias de viajes, receptivos, guías turísticos, intérpretes de patrimonio, turismo activo, ocio y actividades complementarias y otros servicios con repercusión en el turismo, como son organizadores profesionales de congresos, formación, transporte, almazaras, bodegas, secaderos de jamones, talleres de artesanía, comercio, consultoras, etc.
EMCOTUR está organizada por Comisiones de Trabajo que combinan los sectores anteriores con la comarcalización de la provincia como es: la zona Norte de Córdoba, con Sierra Morena, el Valle del Guadiato y Los Pedroches, la zona Centro, representada por el Valle del Guadalquivir que engloba a la comarca del Alto y la Vega del Guadalquivir, la zona de la Campiña Cordobesa integrada por las comarcas de Campiña Sur y el Valle del Guadajoz y por último, la zona Sur de Córdoba, con la comarca de la Subbética Cordobesa.
Por último, de forma transversal, se contará con comisiones de trabajo en función de los segmentos de la demanda más representativos: turismo cultural, turismo rural y de naturaleza, turismo activo, el turismo de negocios, turismo enogastronómico, etc.